В запасниках научно-фондового отдела находится множество коллекций, которые были собраны в рамках различных научно-исследовательских экспедиций, собирательской работы сотрудников и дара. Собрание музея состоит из памятников культуры, таких как документы и фотографии, национальная одежда, образцы керамики и текстиля, утварь и украшения, предметы быта и атрибуты культовых обрядов.

На сегодняшний день музейный фонд Муниципального автономного учреждения «Региональный историко-культурный и экологический центр» составляет около 19 тысяч предметов, из которых 13 тысяч единиц хранения - основной фонд.

Собрание делится на 16 фондовых коллекций по совокупности материальных и тематических признаков: