В МАУ «Экоцентр» с самых первых лет формирования коллекций, была заложена основа значительного собрания археологических памятников. Большая часть коллекции была получена Тобольским педагогическим институтом в результате археологических экспедиций 1991–1992 годов при выполнении изысканий в Западной Сибири в  районе поселка Варьеган, Покачи, Ярмаково.

Фонд комплектовался благодаря поступлениям из Областного краеведческого музея города Тюмени. Дарению профессора института города Чернигова кафедры всеобщей истории Яковенко Э.В. Передаче экспонатов из фондов исторического факультета педагогического института города Тюмени. Нередки случайные сборы.

В коллекции основную часть составляют фрагменты стенок орнаментированных и неорнаментированных сосудов, несколько экземпляров бляшек и бронзовых личин, наконечники стрел и копий, каменные и керамические грузила, детали тиглей. Отдельный небольшой блок археологических находок птицевидная и шумящая подвески. Артефакты представляют керамику Сибири и Западной Сибири периода раннего железа и средних веков.